Desde que foi fundado, o IEM tem mantido uma estreita colaboração com distintas instituições públicas e privadas o que tem permitido o desenvolvimento de um trabalho colaborativo de investigação, formação e disseminação do conhecimento, manifestado na realização de actividades de impacto cultural tais como encontros, exposições, catálogos, livros, actividades formativas, etc. A fim de melhor enquadrar essas actividades o IEM tem presentemente em vigor protocolos com as seguintes instituições:
Protocolos para formação avançada
Protocolos para desenvolvimento conjunto de actividades de investigação e disseminação
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