As actividades de investigação, formação e divulgação desenvolvem-se em torno de Grupos de Investigação cujo número e temática tem variado desde a fundação do IEM, revelando assim a dinâmica evolutiva da UI. A reorganização dos GIs em 2014, aprovada pela Comissão de Aconselhamento Científico e pela FCT, deu origem aos 2 grupos actuais: “Territórios e Poderes: uma perspectiva «glocal»” e “Imagens, Textos e Representações”. No exercício de avaliação 2017-2018 ficou decidido flexibilizar os GIs, assumindo-os, sobretudo, como estruturas de enquadramento da investigação, passando as grandes linhas "People and Knowledge in Motion: Portugal in Trans-European Medieval Networks" e "Medieval Heritage and Material Culture" a congregar o trabalho desenvolvido pelos investigadores, que deverão passar a desenvolver a investigação nas suas áreas de especialização em ambiente de maior interactividade e articulação interna.

Estes GIs integram investigadores experientes, jovens doutores, mestrandos e doutorandos e mesmo alunos de 1º ciclo em processo de iniciação em actividades de investigação pelo que a partilha de experiências e o trabalho em grupo desempenham um papel fundamental no desenvolvimento das suas actividades. Contudo os GIs não são entidades fechadas uma vez que muitas das suas actividades, sobretudo as de expressão pública, resultam na maioria dos casos de parcerias inter GIs do IEM com outras UIs da FCSH ou externas a ela, sendo estas últimas por vezes estrangeiras.

Territórios e Poderes: uma perspectiva «glocal»
O GI aplica o lema «Think global, act local» como o principal eixo ordenador da  investigação. Na reflexão sobre a relação global-local, quando considerando o poder e a sua territorialidade, a questão da escala torna-se numa poderosa ferramenta analítica para as ciências sociais e humanas. É este conceito-chave que interliga os diversos campos de investigação deste  GI,  que funcionam como blocos numa estrutura coesa. São eles: «Mapeando as Estruturas Políticas e Ideológicas do Reino» - que analisa a questão do «nascimento do Estado» e a estruturação dos seus poderes; «Paisagens de poder: grandes cidades e pequenas vilas» - que observa a dinâmica dos centros urbanos como cenários de atração para a esfera da Corte e da burocracia régia - as  ditas «cidades do rei», especialmente a sua cabeça, Lisboa) e pequenos, médios ou grandes centros de jurisdição, dos quais dimana o domínio tanto da coroa como da aristocracia; «Comunidades e paisagens rurais medievais» - um encontro entre história, arqueologia e filologia que procura um aprofundamento de investigação no âmbito dos assentamentos, relações dos poderes locais, entre si e com os restantes, e modos e significados de domesticação da paisagem, e «Circulação de elites, modelos e processos» que se dedica ao estudo de processos e modelos através dos quais as dinâmicas sociais e políticas alimentam as redes de poder e de influência, no campo intelectual, económico e social, bem como os seus padrões de circulação.

Imagens, Textos e Representações
As problemáticas científicas que este GI investiga subdividem-se em quatro áreas de investigação: «Imagens e Textos: significados e usos» - que estuda as relações entre a Imagem e o Texto, com especial  enfoque no que se relaciona com o estudo da Cor, do  Gesto e do Símbolo nos Manuscritos Iluminados Portugueses, Franceses e Italianos, assim como  com o Bestiário medieval; «Textos em Contexto» - que se propõe reanalisar a produção da Poesia Medieval, Prosa e Crónicas e os contextos intelectuais, sociais e políticos que lhe deram origem; «Representações e Construções Socioculturais» - que procura analisar a construção de conceitos como «Idade Média» e a sua representação através dos tempos, até aos dias de hoje, e «Conhecimento e Ciência»- que se debruça sobre o problema da aprendizagem e do conhecimento científico durante a Idade Média e que é uma área ainda emergente, neste GI. O Grupo de Investigação dedica-se com particular cuidado ao estudo da circulação das obras artísticas e literárias, neste período. Especial destaque é dado ao estudo das iluminuras de manuscritos, ao património cultural e artístico e ao fenómeno da circulação de pessoas, obras, modelos e ideias,  à questão dos autores e patronos medievais, e aos processos de criação do conhecimento histórico e científico, desde a Idade Média até às produções dos nosso dias relativas ao tema.