A Comissão Científica é composta por todos os membros doutorados integrados. Cabe à Comissão Científica:

• Aprovar os planos e relatórios anuais de actividades;
• Aprovar o orçamento anual;
• Aprovar a criação, fusão ou extinção de GIs, em virtude de projetos ou iniciativas específicas;
• Aprovar, mediante proposta da Direcção, o Conselho Editorial da publicação periódica do IEM;
• Aprovar a Comissão Externa Permanente de Aconselhamento Científico;
• Deliberar ou dar parecer sobre todas as questões que lhe sejam colocadas pela Direcção;
• Aconselhar o Director e Subdirectores no exercício das suas funções;
• Admitir e excluir investigadores;
• Acompanhar a atividade científica do IEM e o desenvolvimento dos trabalhos de investigação.